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一般社団法人 HPCIコンソーシアム
ユーザー視点のインフラ構築を目指して
人材育成 人材育成
HUMAN RESOURCE DEVELOPMENT

人材育成

我が国ではスーパーコンピュータの開発と利活用のプロジェクトが歴代にわたって行われ、計算科学技術の進歩を牽引してきました。京コンピュータを中心とするHPCIにおいても、様々な人材育成の活動が行われ、計算科学の成果の創出に貢献してきました。現在、フラグシップ2020プロジェクトにおいて、京の後継機の開発が進められており、これからの計算科学を担う人材の育成はその重要性を増しています。
このサイトは、HPCIコンソーシアムの構成機関の大学のスパコンセンターや研究機関における計算科学および高性能計算技術のスクールや講習会など、人材育成に関する活動の最新の情報を集約・共有し、役に立てていただくためのものです。

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第33回コンピュテーショナル・マテリアルズ・デザイン(CMD®)ワークショップ
2018年09月03日 (月)
大阪大学 基礎工学研究科(豊中キャンパス)
開催期間: 2018年9月3日(月) - 9月7日(金)
計算生命科学の基礎V 特別編「生命科学のためのディープラーニングチュートリアル2」
2018年09月25日 (火)
神戸大学計算科学教育センター 208セミナー室(講義のみの参加の場合は、インターネット受講が可能です)
講義「生命科学分野における深層学習技術」
複雑で原理の解明が困難な現象を扱う生命科学の分野では、タンパク質の2次構造予測を筆頭に機械学習などの人工知能技術が利用されてきた。近年、深層学習の登場により画像認識や自然言語処理などで劇的な改善が得られているが、生命科学の分野でも深層学習は大きな威力を発揮しつつある。本講義では化合物構造グラフを扱うGraph convolution技術やタンパク質立体構造を扱う3次元畳み込みネットワークなど、創薬応用を中心とした生命科学分野向けの最新の深層学習技術について解説を行う。
【参加資格】インターネット接続で、どなたでも受講できます。

実習「Python+TensorFlowによる実習(生命科学の分野での機械学習)」
AI分野でよく使われるPythonとTensorFlowを使って、ニューラルネットワークによる予測モデルの作成を学ぶ。ケムインフォマティクス分野からは、フィンガープリントを用いた化合物の薬物動態パラメータに対する予測モデルの作成、バイオインフォマティクス分野からはペプチドの2次構造予測の初歩的な問題に取り組む。データの前処理から、学習モデルの作成、モデルの評価までを取り扱う。生命科学分野での機械学習の初歩を学びたい方を対象とする。
【参加資格】会場である神戸大学計算科学教育センターに直接、お越しいただける方。生命科学分野での機械学習を学びたい初心者の方を対象とします。
計算生命科学の基礎V
第1回「はじめに 計算生命科学の概要」
2018年10月03日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
現代の生命科学は、大規模データ(ビッグデータ)の蓄積により大きな変貌を遂げつつある。全ゲノムや巨大生体分子構造を対象とした研究は、より包括的な生命の理解に貢献し、さらには医学や農学の分野での応用への道も開きつつある。これらの改革の中心にあるのは、生命を大規模データとしてとらえ、高度な計算により解析を行う計算生命科学である。本講義では、計算生命科学の基礎から最前線の研究や応用までをカバーする「計算生命科学の基礎V」への導入として、講義シリーズ全体を概観する。
計算生命科学の基礎V 第2回「臨床シークエンスの実際‐情報解析を中心に‐」
2018年10月10日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
2018年、臨床シークエンス(がんゲノム医療)が先進医療として認定された。臨床シークエンスでは次世代シークエンサーとバイオインフォマティクス技術によって数百遺伝子にわたる変異を1回の検査で検出し、分子標的薬を決定する。本講義では、臨床シークエンスの概要、使用されるバイオインフォマティクス技術、主治医へ検査結果が返却されるまでの情報の流れ、電子カルテとの接続や最新の統計・情報技術による未来の医療の試みを紹介する。
計算生命科学の基礎V 第3回「機械学習によるバイオビッグデータの実践的利用」
2018年10月17日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
近年の生命医科学では、ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、フェノーム、インターラクトームなどの大規模オミックス情報が得られるようになった。同時に、膨大な数の化合物や薬物に関する化学構造情報や生理活性情報も蓄積されている。本講義では、機械学習(人工知能AIの基盤技術)を駆使して、多様なバイオビッグデータの融合解析から生命科学や医療・創薬に繋げるアプローチについて紹介する。
計算生命科学の基礎V 第4回「X線結晶解析・NMR・電子顕微鏡・AFMを統合した相関構造解析」
2018年10月24日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
タンパク質分子の原子レベルの立体構造に基づき、酵素などの機能発現のメカニズムが説明でき、タンパク質分子の立体構造の時間変化、すなわち動的な情報を得ることで理解を深めることができる。さらにX線結晶解析、NMR(核磁気共鳴法)、電子顕微鏡、AFM(原子間力顕微鏡)などの複数の方法を組み合わせることで、新しい知見を得ることができる。それぞれの解析手法と複数の解析手法を統合した相関構造解析について具体例を挙げながら説明する。

計算生命科学の基礎V 第5回「二次代謝物のデータサイエンス」
2018年10月31日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
2009年、Jim Grayが「第4のパラダイム:データ集約型の科学的発見」を提唱した。第1から第3のパラダイムとは、実験を通した仮説検証、法則を定量的に表現する方法、計算機シミュレーションである。データサイエンスとは、このような方法論を包括し、科学の分野間を横断し、現象を解明する。さらにはこれらの知見をもとに、政策決定などの意思決定にまでつなぐ方法論といえる。本講義では、二次代謝物におけるデータサイエンスについての研究の紹介と今後の課題について考察する。
計算生命科学の基礎V 第6回「生命系の分子動力学シミュレーション」
2018年11月07日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
生体分子モーターなど、多くの生体分子は動くことで機能している。そのような生体分子の動きについて、コンピュータによって研究する方法が分子動力学シミュレーションである。本講義では、分子動力学シミュレーションの基礎から、タンパク質や核酸などの生体分子に適用した事例まで解説する。
計算生命科学の基礎V 第7回「フラグメント分子軌道法に基づく構造生命化学」
2018年11月14日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
フラグメント分子軌道(FMO)法は、生体高分子の全電子計算を高速かつ高精度に実行することができる量子化学計算手法である。X線結晶構造の理論的な解釈やそれに基づいた高精度な構造ベース創薬に活用できるため、新規化合物の精密な設計や合理的なリード化合物の最適化、インシリコスクリーニング、さらにはビッグデータに基づく創薬へと繋がることが期待されている。講義では、FMO法に基づく最新の取り組みについて、スーパーコンピュータを活用したFMO計算結果のデータベースなども交えて紹介する。
計算生命科学の基礎V 第8回「溶液中における生体関連分子複合系の自由エネルギー解析」
2018年11月21日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
溶液中におけるタンパク質や脂質などの生体関連分子は、溶媒との分子間相互作用の下で構造を形成し機能を発揮する。本講義では、分子シミュレーションと溶液統計力学理論の融合に基づく生体関連分子複合系の自由エネルギー解析を概説する。統計力学と分子シミュレーションの基礎から出発して、溶媒和理論の構成について述べ、タンパク質構造に対する共溶媒効果、タンパク質複合体の安定性、および、タンパク質−脂質膜相互作用の分子レベル解析に進む。
計算生命科学の基礎V 第9回「分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援」
2018年11月28日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
クライオ電顕をはじめとするタンパク質立体構造解析技術の発展により、構造データを起点とした創薬支援研究が再び注目されてきている。しかし、構造データの中には、特定の条件や環境に依存した構造情報もあり、そのままのデータでは創薬へ適用が難しいものがある。分子シミュレーションは、このような問題を補完できる技術として注目されている。講義では、構造データと創薬を橋渡しする高度なインシリコ創薬支援技術について概説する。
計算生命科学の基礎V 第10回「QM/MM法の概略と応用」
2018年12月05日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
本講義では、2013年ノーベル化学賞受賞対象であり、反応の重要な部分に精度の高いQM法、その他の部分に計算コストの安いMM法を組み合わせたハイブリッド法である、QM/MM法の概略を説明し、化学反応系や酵素反応に対する応用について説明する。
計算生命科学の基礎V 第11回「医薬品業界におけるデータサイエンティスト」
2018年12月12日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
データサイエンティストはデータを活用するために、関連データベースや解析手法に習熟し、ビジネスの観点も加味して,仮説立案と検証を提案し,サイクルを回していく役割である.本講義では,周辺技術であるIoT,ビッグデータ利活用や人工知能,シミュレーションに関する技術などの事例を交えながら医薬品業界におけるデータサイエンティストのあり方を解説する。
計算生命科学の基礎V 第12回「さまざまな生命科学データの接続で見える新たな知見」
2018年12月19日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
生命科学研究における測定技術の進展は、膨大な生命科学データの蓄積をもたらした。これらのデータを利用して、新規の関係や仮説を生み出すためには、研究者の発想を支援するツールが必要である。そこで、生命科学の新たな知見(仮説)をデータに基づいて見いだすことを実現できるプラットフォームの構築に挑戦している。簡単なキーワードを入力することで、異なるデータベースを同時検索し、それらデータの関係を見いだすことができることをめざしている。
計算生命科学の基礎V 第13回「シミュレーションとAIの融合による創薬」
2019年01月09日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
近年の創薬において、インフォマティクスやシミュレーションを利用したインシリコスクリーニングは無くてはならないものとなっている。本講義では、インフォマティクスやシミュレーションの基本的な理論、創薬現場でのメリット・デメリット、最近の動向などについて実例を交えながら紹介する。また、最先端の研究として、機械学習(人工知能)的な方法や量子化学計算(FMO法)の応用などについても触れる。最後に、最近のライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)における創薬AI開発の取り組みの現状について紹介する。
計算生命科学の基礎V 第14回「ビッグデータを活用した健康科学への挑戦」
2019年01月16日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
近年、腸内細菌や食品が健康に与える影響が注目されている。これらの腸内環境は個人差が大きく、また生活習慣によっても変動する。本講義では私たちが行っているコホート研究から得られた「食事などの生活習慣-腸内細菌―生体内代謝物―健康に関連する生体内因子―身体状態」に関するビッグデータを活用した研究を中心に、次世代の健康科学研究に向けた挑戦を紹介したい。
計算生命科学の基礎V 第15回「脳情報の可視化とその応用」
2019年01月23日 (水)
配信講義(配信会場:神戸大学計算科学教育センター セミナー室208)
ヒトの知性は脳内の情報表現により形成されている。近年の計算神経科学の発展により、視覚・聴覚・意味などの脳内情報表現を、fMRIなどによる計測脳活動から可視化することが可能になってきている。本講義では、そのような脳内情報の可視化における最新の研究成果を紹介するとともに、成果の応用として脳情報と人工知能の融合による新技術とその産業応用の可能性について解説する。
第34回コンピュテーショナル・マテリアルズ・デザイン(CMD®)ワークショップ
2019年02月18日 (月)
大阪大学 基礎工学研究科(豊中キャンパス)
開催期間: 2019年2月18日(月) - 2月22日(金)